Die Magnesiumaufnahme (Resorption) findet im Dünndarm statt, wird dort allerdings nur zu einem Drittel resorbiert. Führen wir mit der Nahrung 300 Milligramm Magnesium zu, stehen bei ungestörter Aufnahme nur etwa 100 Milligramm dem Organismus tatsächlich zur Verfügung. Eiweiß und Vitamin D fördern die Magnesiumaufnahme im Darm, ebenfalls Parathormon und Wachstumshormon. Mit dem Urin wird ein Magnesiumüberschuss aus dem Körper beseitigt, allerdings scheidet die Niere den Nährstoff nicht einfach vollständig aus – dies hätte fatale Folgen. Bei normaler Nierenfunktion wird in den Nierentubuli das meiste Magnesium wieder zurückgewonnen und steht dem Körper nach wie vor zur Verfügung.